あるrigidbodyコンポーネントが付いたゲームオブジェクトA,ゲームオブジェクトBが存在するとした場合、
ゲームオブジェクトAとBの衝突を無視するためのコードは、

Physics.IgnoreCollision(gameObjectA.collider,gameObjectB.collider);

や

Physics.IgnoreCollision(gameObjectA.rigidbody.collider,gameObjectB.rigidbody.collider);// rigidbodyの場合はこちらで行うと良いかもしれない。

とします。配置済みのオブジェクトに対して設定する場合は、Startメソッドなどに記述、コード上でオブジェクトを生成するなどしている場合は生成後に1回コールしてあげるとよさそう。

rigidbodyの移動速度が速いとコリジョン判定の有るはずのオブジェクトをすり抜けてしまう場合がある。その場合は、

rigidbodyのインスペクター上の設定で、Collision DetectionをContinuousに設定します。
（移動する側のオブジェクトに設定するといいと思います。）