あるrigidbodyコンポーネントが付いたゲームオブジェクトA,ゲームオブジェクトBが存在するとした場合、
ゲームオブジェクトAとBの衝突を無視するためのコードは、

Physics.IgnoreCollision(gameObjectA.collider,gameObjectB.collider);

や

Physics.IgnoreCollision(gameObjectA.rigidbody.collider,gameObjectB.rigidbody.collider);// rigidbodyの場合はこちらで行うと良いかもしれない。

とします。配置済みのオブジェクトに対して設定する場合は、Startメソッドなどに記述、コード上でオブジェクトを生成するなどしている場合は生成後に1回コールしてあげるとよさそう。