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http://nantara.jp/blog/?p=154
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※上記に記載されているAndroidのプロジェクト出力方法の設定をすると、
MyUnityProject>Temp>StagingAreaフォルダ
にAndroidのプロジェクトが出力されるようになります。この中のマニフェストファイルをコピーします。

コピーしてきたマニフェストファイルに必要な記述をして編集＆保存します。

Assets>Plugins>Androidフォルダ（無ければ作る、名前は左記のとうり）に編集したマニフェストファイルを配置してください。

これで次回ビルド時からこのマニフェストファイルの内容が適用されます。